蒐藏是為了分享
這些文物是世界文化的珍寶，也是臺灣人的資產，我們只是暫時的保管者，未來還要代代相傳下去。
— 許文龍
蒐藏 多元豐富
許文龍創辦人於幼年時埋下的博物館種子，在事業有成後開始發芽。1977年奇美文化基金會成立，擘劃「博物館」藍圖，收購西洋音樂與藝術相關的影片、海報及書籍，供台南的老師教學使用，並開放奇美實業同仁借用，培養員工們欣賞藝術的能力。
1990年起開始收購藝術品，以大眾角度思考未來博物館的雛型，再透過拍賣場與經紀人進行西洋古典畫作、雕塑及樂器的收藏。兩年後，許創辦人再提出蒐藏動物標本與古兵器的構想，更親自到美國參觀史密森尼學會（Smithsonian Institution）的自然史博物館，此趟旅程也找到製作標本的專家，為奇美博物館收集世界各區的標本，並打造栩栩如生的生態造景。
奇美博物館蒐藏的西洋藝術、樂器、兵器及自然史四大方向，得見許創辦人相當重視「美」與「啟發」，他希望每一位來博物館的觀眾，感受到展品的美或趣味後，能被引發內心的求知慾，進而想了解背後的創作背景、歷史演變、甚至是科學或機械的技術原理。
自開始蒐藏迄今，奇美博物館已有來自全世界年代橫跨18億年前（元古代）到西元21世紀，約一萬兩千多件得以呈現地球歷史、大自然生命壯闊、人類文明演進與藝術軌跡的多元蒐藏。
提琴 讓世界看見臺灣
許創辦人從小就著迷於提琴的聲音，也深深體會學琴的孩子隨著琴藝精進，需要不停購買品質更好的提琴，這對許多家庭來說是非常沉重的負擔。因此，他決定蒐藏更多的提琴來幫助這些學生和家庭。
從一開始想多買一些琴借給臺灣音樂學子與音樂家，到2000年時慢慢萌生建立系統性收藏提琴的想法，約在2005年時確立以世界各國的著名製琴家、製弓家的作品為目標，著重在提琴發展史的完整收藏脈絡，只要具有製琴系統或歷史代表性的意義，即便是不能演奏也會蒐藏。
國外重量級博物館及世界級國際琴展、專業提琴協會的年會琴展，均曾向奇美借琴。包含美國大都會博物館、法國巴黎音樂博物館與蒙彼利埃（Montpellier Fabre）博物館等都曾留下奇美名琴的足跡。許多世界級提琴家如阿卡多、馬友友、鄭京和、宓多里、楊．沃格勒等也都拜訪過博物館。雖然「世界第一」從來不是提琴蒐藏的目標，但成果讓世界看到了臺灣。
修復 以呵護的心
要照顧這些珍貴的典藏品能繼續流傳，最重要的是提供良好而穩定的展存環境，以及專業的維護修復與管理。奇美博物館設置有修復室與阿瑪蒂工坊（提琴研究中心），負責維護藏品安全及健康的工作。並有多位長期合作的國外專家與修復師，協助進行不同類別藏品的維護與修復工作。
從博物館園區的戶外雕塑，到館內展廳的藝術、樂器、兵器與動物標本，以及庫房中的典藏品，都需要妥善的維護與管理，才能達到博物館永久保存的目標。
聯盟 資源共享
博物館與國立臺灣工藝研究發展中心及國內相關保存維護機構、法人合作，成立「臺灣工藝檢測修護聯盟」，共同整合保存、修護與科學檢測分析等專業資源，以「國家工藝檢測修護平臺」作為與社會共享的知識服務平臺。讓注重愛物惜物與資源永續循環的個人或單位，均能透過平臺尋找所需資源。
e化 分享無國限
博物館的典藏管理業務除了文物保存維護之外，更重要的是提升典藏品的能見度。透過現代資訊科技將典藏品數位化，加上與國內外學術單位進行研究合作，累積館藏詮釋資料，期望能進而建立一個讓全世界都容易親近的典藏品知識平台。這些數位化的成果，也可以進行加值應用與文創商品開發，幫助博物館的永續經營。
